Kubo è un cantastorie. Di giorno al villaggio suona e canta le gesta di storie senza un finale, animate davanti al suo pubblico di strada tramite origami; di notte invece si nasconde da un nemico occulto che lo cerca per privarlo dell'unico occhio che gli rimane (l'altro è bendato): il nonno. Ultimo di una famiglia legata alla magia, vive con una madre che sembra aver perso ogni forza per lottare e che, quando il nonno li troverà, scompare nel tentativo di far scappare il figlio. Inizia così il viaggio di Kubo, assieme a uno scarafaggio gigante e una scimmia, alla ricerca di un elmo, un'armatura e una spada che insieme gli consentiranno di sconfiggere l'ingombrante nonno.