Michelangelo, Donatello, Leonardo, Raffaello tornano al cinema questa estate per combattere il più cattivo dei cattivi, al fianco di April O'Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) e di un nuovo arrivato: il vigilante mascherato da gocatore di hockey Casey Jones (Stephen Amell). Dopo la sua fuga il supercriminale Shredder unisce le proprie forze allo scienziato pazzo Baxter Stockman (Tyler Perry) e ai due sciocchi scagnozzi, Bebop (Gary Anthony Williams) e Rocksteady (WWE Superstar Stephen "Sheamus" Farrelly), per scatenare un piano diabolico alla conquista del mondo. Quando le tartarughe si preparano ad affrontare Shredder e il suo nuovo team, si trovano di fronte ad un male ancora più grande ma con simili iintenzioni: il famigerato Krang.