La storia del sedicenne Jacob, a cui il nonno raccontava le storie avvenute in un orfanotrofio che ospitava ragazzi molto particolari e dotati di strani poteri. Alla morte del nonno, il ragazzo si reca nella dimora che l'anziano aveva in Galles, per scoprire i resti della tanto chiacchierata casa per bambini speciali della signora Peregrine. Jacob capisce così che dietro l'istituto si nascondono misteri inquietanti e ha la sensazione che i suoi ospiti ormai defunti siano ancora nei dintorni.